1971. április 12-én született a Tennessee állambeli Memphisben. Shannen Maria Doherty néven anyakönyvezték. Apja, Tom banktisztviselő, anyja, Rosa szépségszalont üzemeltetett. Édesanyja két éve meghalt. Hétévesen eldöntötte, hogy színésznő lesz, ezért Los Angelesbe költöztek. A Hófehérke és a hét törpében játszott, mikor (tízéves korában) Michael Landon felfigyelt rá és hamarosan felajánlotta neki Jenny Wilder szerepét, megkapta élete első szerepét a Murphy atya című sorozatban. Hívták ugyan nagy filmekbe is, mégis a Beverly Hills 90210 című sorozat Brenda Walsh-a hozta meg neki a sikert. Nagy karriert futott be a szereppel, de a producerekkel nem sikerült megegyeznie az utolsó részben játszandó szerepéről, ezért különböző digitális effektek és a vágás segítségével kiradírozták őt a sorozat utolsó előtti, ún. "visszatekintő"-részéből, melyben rajta kívül minden színész szerepelt, aki valaha látható volt a sorozatban. Aaron Spelling producer szerint azért kellett kiírni a sorozatból, mert Shannen folyamatosan veszekedett a stáb más tagjaival, és folytonosan elkésett a forgatásokról. Igencsak felbőszítette William Friedkint, amikor nem jelent meg a Jailbreakers című 1994-es tévéfilm forgatásának első napján Hollywoodban. Aztán kiderült, hogy Shannen épp akkor érkezett meg Olaszországból, ahol szintén nagy vihart kavart egy tévéinterjúról való késésével. Friedkin első reakciója: "Írjunk ki válogatást és nézzünk meg 12 másik színésznőt a Beverly Hills-i hisztéria szerepére." Végül mégis Doherty mellett döntöttek.

1992-ben Shannen vendégszerepelt a The Dennis Miller Show című műsor negyedik adásában. Mivel a show még gyerekcipőben járt, Miller, a műsorvezető, még épp kezdett hozzászokni a talk-show rendszeréhez. A riport elején azonban Shannen gorombán megkérdezte Millertől, hogy ideges-e, és továbbmenve megjegyzést tett szemöldökének ideges rángására. Másnap ez több helyen is címlapsztori volt, Miller, pedig állandóan visszatért műsorában az esetre, hogy ezzel gúnyolja a színésznőt. A Blindfold: Acts of Obsession (1994) forgatásán megismerte Judd Nelsont, akivel később eljegyezték egymást. Úgy hírlik, rövid románca is volt Dean Cain-nel, akit itthon leginkább Superman sorozatból ismerhetünk. 2000-ben felajánlották neki a Sikoly 3 egyik szerepét. 1995-ben egyik főszereplője volt a Kevin Smith rendezte Shop-show-ban, amelyben egy képregényfüggő sráccal bonyolódott viharos kapcsolatba. Kisebb szerepet kapott az ugyancsak Kevin Smith rendezte Jay és Néma Bob visszavág című komédiájában 2001-ben, ahol saját magát alakította egy "Sikoly" film forgatásán a Miramax stúdióban. Szintén ebben az évben készült a Ha eljön a tegnap (Another Day) című misztikus filmje. A Parker Lewis sohasem veszít-ben is szerepelt. 3 évig játszotta a Bűbájos boszorkák főszerepét. Mostanában a Beverly Hills 90210 remake-jének nevezhető 90210 szerepel.